Povestea din Shuffle ( シャッフル ) are loc intr-o lume in care cu 10 ani in urma aceasta a fost conectata cu alte doua lumi: lumea lui Shin (zeul bun) si lumea lui Ma (zeul demonic).
Tsuchimi Rin e un tanar care locuieste in casa prietenei lui, Kaede, ducand o viata linistita, aceasta fiind cea care-l ingrijeste, afirmand ca acesta este "scopul ei de a trai".
Intr-o zi, doua familii se muta langa el, o casa fiind locuita de familia lui Shin si in cealalta casa s-a mutat familia lui Ma. Amandoua familii au cate o fata de varsta lui Rin, necasatorite, a caror singura dorinta este sa traiasca alaturi de baiatul de care s-au indragostit cu ani in urma cand venisera prima data pe pamant. Acel baiat este chiar Tsuchimi Rin.
Tatal fetelor i-a cerut sa aleaga cu cine din cele doua fete se va casatori. Pentru a-i castiga dragostea, cele doua printese raman pe pamant si chiar vor merge la acelasi colegiu cu el
Viata lui Rin, inconjurat de cele doua printese si prietena la care locuia, Kaede, este data peste cap, incepe sa fie plina de rivalitati si gelozie din partea celor 3 fete.