Povestea din Saber Marionette J ( セイバーマリオネットJ ) are loc intr-o lume numai de barbati, acestia au creat roboti cu aspect feminin, numiti Marionete, care sa implineasca ordinile lor.
Personajul principal, Otaru Namiya, in timp ce incepea munca zilnica, a avut un accident cu Mitsuru Hanagata, pe cand rezolvau problema accidentului, Otaru a alunecat si a cazut intr-un rau. Cand s-a trezit era in fata unui muzeu vechi. intrand in muzeu, vede un portret frumos de femeie si ajnge intr-o sala secreta. Aici gaseste o Marioneta adormita, aceasta trezindu-se spune ca o cheama Lima si sare de gatul lui. Otaru o ia acasa, Lima era diferita de celelalte Marionete, nu era asa ascultatoare, cauza probleme vecinilor si era mereu voioasa. Asta deoarece era un robot special, avea un circuit deosebit "otome" care o facea sa aibe personalitate.
Dupa trezirea Limei, vor apare alte doua Marionede deosebite, Cerry si Bloodberry, care vor locui in casa lui Otaru.
Anime-ul continua in a doua serie, intitulata Saber Marionette J to X.