Povestea din anime-ul RahXephon ( ラーゼフォン ) incepe intr-un Tokyo separat de restul lumii printr-o sfera energetica, o lume in care unii au sange albastru si timpul trece mai incet, un baiat de 17 ani pe nume Ayato Kamina isi traieste viata obisnuita fara sa stie ca in jurul lui sunt persoane care au sange albastru, chiar si mama lui. La scoala a fost invatat ca toata civilizatia a fost distrusa, cu exceptia Tokyo-ului.
Intr-o zi in care mergea ca de obicei cu metroul spre scoala totul se schimba brusc, orasul este atacat, avioane, masini si roboti humanoizi ciudati (numiti Dolems) se lupta distrugand totul in jur. In toata aceasta agitatie, Ayato se intalneste cu o prietena, Reika Mishima care-l conduce spre un loc de unde va incepe sa afle adevarul despre existenta lor. Acolo, ghidat de sunetul cantecului ei, va fi asimilat temporar cu un robot angelic puternic, denumit RahXephon, si dupa o lupta cu alti Dolems, Ayato impreuna cu robotul si o femeie pe nume Shitow Haruka trec prin scutul din jurul orasului si se trezesc in lumea exterioara, despre care invatase ca nu mai exista.
Haruka este un agent dintr-o organizatie din lumea exterioara care doreste sa apere pamantul de MU. Ea a intrat in Tokyo pentru a-l lua pe Ayato ca sa afle adevarul despre lumea in care a trait, el fiind singurul care poate conduce pe RahXephon. Afla ca Tokyo este guvernat de o civilizatie misterioasa, numita "MU" care ataca oamenii din exterior.
Confuz de toate care s-au intamplat, de lucrurile pe care le-a vazut, doreste sa se intoarca dar afla ca deocamdata nu se poate si dupa ce va fi analizat de organizatia militara va fi gazduit de un grup de cercetatori. Impreuna cu robotul RahXephon va lupta impotriva robotilor Dolems trimisi de MU.