Povestea din Noein - to your other self, titlul original, in Japoneza: "Noein - Mou Hitori no Kimi e" ( ノエイン もうひとりの君へ ), incepe cu niste evenimente care se petrec intr-un timp aflat la 15 ani in viitor, dupa ce puterea stiintei a avansat foarte mult si nesanatos. O lupta violenta se da intre Lacrima, care protejaza umanitatea, si Shangri-La, care planuieste anihilarea tuturor dimensiunilor spatiu-timp. Cheia prin care poate fi oprita invazia Shangri-La este un obiect misterios denumit "Dragon's Torque". Un grup cunoscut cu numele de Dragon Cavalry e trimis prin timp si spatiu sa gaseasca acel obiect.
In prezent, Haruka, o fata de 12 ani, si prietenul ei Yuu planuiesc sa fuga din oras impreuna in vacanta de vara. Intr-o seara, pe cand discutau despre aceaasta fuga, spatiul din jurul lor se schimba, o ninsoare albastra incepe sa cada, iar la gatul lui Haruka apare acel obiect Dragon's Torque sub forma de colier. Un membru al grupului Dragon Cavalry, pe nume Crow, isi face aparitia, incercand sa ia acel colier, dar totul dispare brusc.
In seara urmatoare, pe cand Yuu si Haruka erau cu prietenii lor, acelasi barbat misterios apare ca o fantoma, urmarind-o pe Haruka si mai tarziu pretinde ca este Yuu din viitor.
Ideile misterioase incep sa prinda contur, relevand treptat relatia dintre un obiect gigantic care apare ca de nicaeri, Haruka si prietenul ei Yuu.