Mission-E este o continuare a primei serii anime "Code-E". Actiunea se petrece la 5 ani dupa evenimentele din prima parte.
Protagonista, Chinami Ebihara, este acum in varsta de 22 ani si impreuna cu prietenii ei din ultimul an de liceu: Sonomi Kujo, Yuma Saihashi, Kotaro Kanagi si suportul financiar al Kujo Group au format o organizatie nunmita OZ. Chinami si Maori Kamizuka, o fata de 17 ani care are acelasi tip de putere electromagnetica, sunt agenti in aceasta organizatie si scopul lor e de a-i gasi si proteja pe cei care au aceasta abilitate Type-E, care sunt urmariti si rapiti de membrii unei organizatii paramilitare numite "Fundation" (Fundatia) care vor sa-i manipuleze si sa-i foloseasca in scopurile si experimentele lor. Organizatia OZ, pe langa faptul de a-i apara de Fundation pe cei cu abilitati Type-E, ii ajuta sa invete cum sa-si controleze abilitatea pentru a se putea integra in lumea moderna.
Misiunea lor este destul de dificila si periculoasa si pe parcurs apar surprize care au legatura cu evenimentele din Code-E.