Protagonistul din Mamoru-kun ni Megami no Shukufuku wo ( 護くんに女神の祝福を ) (Mamoru-kun was Blessed by a Goddess) este Yoshimura Mamoru, un elev nou la o scoala de "Beatrice", este acceptat datorita inteligentei sale deosebite. Aici, Beatrice este o putere magica deosebita, supraomeneasca, iar persoanele care au aceasta abilitate speciala se numesc "Beatrice". In prima lui zi in acea scoala, Mamoru o intalneste pe Ayako Takasu, o fata foarte populara printre studenti, asta atat datorita frumusetii ei cat si puterii exceptionale de Beatrice pe care ea o are. Dar in acelasi timp este cunoscuta ca o persoana rece si singuratica si celorlalti le era oarecum teama sa se apropie de ea, numind-o "Vrajitoarea Beatrice". Fiind nou in acea scoala, Mamoru vazand-o, se apropie si vorbeste cu ea, iar spre suprinderea tuturor, Ayako ii cere brusc sa iasa impreuna, sa fie iubitul ei. Din acel moment Momoru intra in atentia tuturor si este invitat sa faca parte din Consiliul Studentilor ca ajutor al lui Ayako, astfel Mamoru ajunge sa fie implicat in pericolele si misterele Beatrice.
Datorita puterii ei, Takasu este solicitata sa participe la multe misiuni periculoase, iar Mamoru alaturi de ea incepe sa o cunoasca mai bine si realizeaza ca in ciuda puterii ei, ea este totusi o fata si decide sa o protejeze.