Anime-ul My-HiME povesteste despre Tokiha Mai si fratele sau Takumi, care, ramasi orfani de cuand, primesc o bursa la o scoala de prestigiu si anume Fuuka Academy. Pe vaporul pe care calatoreau sa intalnesc cu Tate si "sora" lui mai mica, amandoi studenti la aceeasi academie. In timpul calatoriei, vaporul devine un camp de batalie intre 2 fete care par sa aiba puteri supranaturale: Mikoto cu o sabie mai mare decat ea si Natsuki. In timpul acestei batalii Mai descopera ca poseda si ea puterile unei Hime si o data cu asta incep toate necazurile si viata lui Mai este incet incet ravasita.