In acest anime, Ergo Proxy ( エルゴプラクシー ) istoria incepe intrun oras numit Romdo unde locuiesc oameni si rboti numiti "Autoraves". Totul se petrece dupa un razboi apocaliptic nuclear.
In acel oras incep sa aibe loc crime comise de Autoraves ifestati cu un virus numit "Cogito", care dadea androizilor si capacitatea de a avea emotii si sentimente.
Vincent, cel care se ocupa de eliminarea robotilor infestati ajunge sa fie implicat intr-o relatie cu Pino, cea care este acuzata ca a provocat infestarea in oras. Real Mayar, inspctor in serviciul secret din oras, afla de Vincent, acesta impreuna cu Pino sunt expulzati. Mayar este atacata de o creatur care nu este nici android nici om si ajunge sa afle despre un fenomen misterios numit "Awakening" (trezire).
Mayar incepe sa aibe indoieli despre legea si autoritatile din oras si decide sa investigheze alaturi de Vincent si Pino, ceea ce va duce la inceperea unei calatorii plina de pericole, secrete si mister. Dincolo de oras va gasi o lume distrusa, dar cu viata, si niste oameni numiti Proxi care ar putea fi salvarea lumii.