Povestea din acest anime este despre o fata numita Chinami Ebihara care este o persoana timida si cu o abilitate stranie si problematica cauzata de starea ei emotionala, care-i face corpul sa emita un camp electromagnetic ce afecteaza aparatele electrice din apropierea ei. Cand este tensionata sau cuprinsa de emotie, campul electromagnetic generat devine mai puternic, afectand serios aparatele electrice. Din aceasta cauza Chinami nu poate folosi lucruri electronice cum sunt telefonul, calculatorul si altele asemenea care fac parte din modul de viata al lumii moderne. Tot din cauza acestei abilitati, familia ei a fost nevoita sa se mute des si sa se transfere de la o scoala la alta deoarece le cauza probleme scolii si vecinilor, stricand aparatele electrice.
In 2017 Chinami este in varsta de 18 ani in ultimul an de liceu si, ca de obicei, s-a transferat in mijlocul anului scolar la o alta scoala, incercand pe cat posibil sa-si ascunda si sa linisteasca puterea campului ei electromagnetic, ocolind tot ce intalnea aparat electric. Totusi, fiind o persoana emotiva si timida iar aparatele electronice sunt peste tot, in special telefoane mobile si monitoare, se emotioneaza usor si fara sa vrea le perturbeaza, aspect care este repede observat de colegi.
Unul dintre acesti colegi este Kotaro Kannagi, conducatorul clubului de stiinta al scolii (de fapt singurul membru). El isi da seama repede de manifestarea puterii electromagnetice a lui Chinami si se arata imediat interesat de ea, dorind sa studieze aceasta abilitate numita "TYPE-E", dar maniera in care i-se adreseaza, spunandu-i ca "este interesat de corpul ei" il face sa para mai mult un pervers.
Interesul lui Kotaro fata de Chinami cauzeaza gelozie lui Sonomi Kujo, o fata dintro familie bogata, care il place pe Kotaro.
Printre colegii din noua scoala unde s-a transferat se mai afla o fata care are o putere similara de a controla undele electromagnetice, numele ei este Yuma Saihashi si incearca sa o ajute.
Chinami se va confrunta cu multe situatii problematice sau comice cauzate de puterea ei misterioasa, iar in scena isi fac aparitia doi straini care au ca scop sa o spioneze.
Code-E continua cu o a doua serie intitulata "Mission-E".