Evenimentele din Clannad After Story ( クラナド アフターストーリー ) continua povestea din primul anime Clannad si se petrec in ultimul an de liceu, cand fiecare trebuie sa-si decida drmul pe care-l va urma in viata dupa absolvire. Au trecut cateva luni dupa ce Tomoya si-a declarat iubirea fata de Nagisa. Aceeasi prieteni si colegi adora sa petreaca timpul impreuna. El locuieste in continuare acasa la Nagisa, si incep sa aibe o relatie mai stransa si intima.
Din cauza slabei rezistente fizice in timpul iernii, Nagisa va trebui sa repete ultimul an de liceu, dar cu persevereta va absolvi in urmatorul an, iar dupa scurt timp, ea si Tomoya vor forma impreuna o familie.
Prin diferitele evenimente, intalniri cu persoane diferite si casatoria cu Nagisa, Tomoya incepe sa inteleaga sensul si importanta familiei. Totusi, impreuna se vor confrunta cu greutati si provocari care apar intr-o viata in familie, dar si lucruri minunate care merita efortul.